孔乙己就這樣消失了，無影無蹤。當然除了酒館的老闆也沒有一個人在乎他在哪。這時是１９１８年的冬天，天氣格外的冷，寒風刺骨。孔乙己也不再相信自己能活下去了。
一個非人非鬼的“東西”在大上海的街頭用雙手拄着地面遊盪着，恰似書中提到過的孤魂野鬼。他不乞討，只是在別人看不到的時候撿一些東西吃。也許現在的孔乙己正在心中默背：人生自古誰無死，留取丹心照汗青的詩篇。這是一首好詩，只不過用在他身上不大適合罷了。
此時的中國動蕩不安，１９１７年孫中山發起了護法運動，但最終因南北軍閥妥協串通一氣，排擠孫中山。護法運動在１９１８年五月宣告失敗。孫中山自廣州返回了上海。汽車在的上海的街頭飛馳着。車廂里的孫中山也在護法運動失敗后想着很多很多，但沒有人知道他在想什麼。因為這是是偉人的思想。忽然，汽車的緊急剎車打斷了孫中山的沉思。司機慌慌張張的下了車，走到車前，對擋在車前的不知是什麼東西的“東西”破口大罵起來。這時，孫中山也下了車。看到的是躺倒在車輪前的那非人非鬼的孔乙己“把他抬到車上，送去醫院吧。”汽車沒有停留太久，便再次開動飛馳而去了。
當孔乙己醒來時，他已躺在上海陸軍總院的病床上，但還是有些神志不清，只覺得有很多穿白衣服的人在他身邊忙忙碌碌的工作着。“吾在何地？”孔乙己叫着，不！應該是呻吟着。旁邊醫生在於司機說話“孫先生的意思是怎麼處理呢？”“在孫先生回府的路上着東西不知怎的就跑到車底下了，倒霉！您與孫先上是故交，他的秉性您也知道，孫先生的意思是儘力醫治。要是我早從他身上軋過去嘍。”孔乙己真真切切的聽到了這段談話，但他並沒有吱聲，而是默默的閉上眼睛。他並不傷心，因為他知道他本應該在很很久以前就離開人世了。現在還活着，他已經很滿足了。於是放慢呼吸展開幻想來到他夢中擁有無限快樂的小酒館。
一個月以後，孔乙己康復出院了。孫中山把他請到下榻之處談話，其內容便無人知曉了。但能充分肯定，孫先生回被迫用那兒時學的那些陳芝麻爛穀子的東西與孔乙己交談。雖無人旁聽，不過也無人猜測，因為誰都會知道孔乙己只會說：你知道茴香的“茴”有機種寫法嗎？而孫先生更不會與孔乙己談論什麼國家大事的。但誰又能完全否定呢？因為孫中山先生是偉人，偉人的思想是與凡人不同的，因為偉人的思想與凡人不同，所以他是偉人。
恰恰與此同時，孫中山這一單獨與孔乙己會談的舉動被北京的段祺瑞政權通過上海消息靈通的耳目所得到．因無一人旁聽其中，就更引起段祺瑞這隻老狐狸的警覺．雖然段祺瑞正與黎元洪鬧着府院之爭，但他還是不敢放鬆對孫中山的關注。所以馬上對孔乙己這個被世人視為垃圾的“東西”展開了好似對孫中山本人的瘋狂調查。
孔乙己自孫先生下榻之處走出，跟一個月前已是今非昔比，上好的長衫烏黑的頭髮，發亮的皮鞋，還有衣服上好木材做的雙拐，好生氣派。兜里還揣人家送的不是捨得幾十塊大洋。和孫先生辭別沒一會兒，便招手攔了一輛洋車，飛一樣的趕向了他“懷念”許久的酒館，老闆也企盼着他能回來，對他也有着那份特殊的懷念。
雖然沒有二十年後才出道的胡漢三那樣傾天高喊：“我又回來了！”但也拖着兩條病腿，帶來了那久違的激情。孔乙己不再是那穿長衫站着喝酒的人了，可能他再也站不住了。但他並沒有進那他從未去過的雅間，而是讓老闆在大堂搬來椅子。因為他認為短衣們需要他這個格外的長衫給他們以快樂，但事實並非如此。
孔乙己給眾短衣們講述了他那本已很是離奇的故事，逗的短衣們哭笑不得，但他還是覺得不夠風光，夸夸其談，說孫先生與他推敲四書五經隨後又與他談論國家大事，很是親切，這些都被段祺瑞的鷹爪所探聽到，再加上耳目們的誇張，更鬧的段祺瑞神經兮兮。，覺得這瘸子的確是一枚重要的棋子。
孔乙己喝過酒還了帳，還請了眾短衣們的客，出了門尋了輛車打算找個地方去住，就在酒店旁的小巷裡孔乙己被迷迷糊糊的拐到了一個不知名的黑屋裡。其中並沒有什麼蒙面人也沒有人拿着刑具去逼什麼供。雖有五六個人圍着孔乙己轉來轉去，但他也不知道他們在對他嘮叨些什麼。段祺瑞想用孔乙己去暗害孫中山，並也給了孔乙己一筆不多不少的錢，但最終誰都知道孔乙己的確難逃一死。
第二天，不知道在何處醒，也不知道在何處睡。只覺得自己的口袋有鼓了一些。昨天發生了什麼全部忘記，像往常一樣，繼續泡酒館、講故事、說之乎者也。
一個月以後的一天，孔乙己花光了所有的錢，倒在了酒館旁的小巷裡。有人認為他是喝醉了，有人認為他是睡著了，他們見怪不怪。其實他死了，殺他的人都沒捨得用槍打他，屍體上只留下了一出刀痕。明天是１９１９年５月４日。唉....老孔可惜沒湊上這熱鬧，否則，他又能吹噓一番了。眾短衣們可真沒耳福。日子照過，酒照喝，學生繼續鬧革命。