濟世堂醫館的杜先生祖傳一手金針刺穴的絕技，名聞省城，無論大病小病，他不用開方，不用抓藥，只是憑几根金針治病。在他的金針下，便是剛咽氣的病人，也能活轉過來三個時辰，這種神奇的醫術，實在稱得上是妙手回春。
杜先生脾氣古怪，他給窮人看病只收少許診金，甚至分文不取；可給富人看病，則要極高的價錢，有時一些高官、富商被他拒之門外，便是抬出滿箱的金銀，或是把刀架在他的脖子上，他也不予理睬。
杜先生妻子早亡，膝下只有一個女兒名叫香草，父女倆相依為伴。幾年前，杜先生領着香草出門診病，在路邊遇到一個昏死在地的討飯少年，便把他背了回來，三根神針下去，救了少年一命。
少年名叫李清，他在濟世堂養了半個月，康復之後，便執意要留在濟世堂拜杜先生為師。杜先生看他眉目清秀，一副聰明伶俐的模樣，又與女兒年紀相仿，心中也很喜愛，就把他收為弟子，傳他金針治病的絕技。
傳藝之前，杜先生滿面嚴肅地對李清講了濟世堂的幾條規矩：不治贓官，不治惡盜，不收急難之財。叮囑他要一一記住。
過了五年，李清學到了杜先生的六七分本事，杜先生知道他的天份止於此了，也就不再勉強。就這六七分本事，李清也足以比肩省城裡的任何一位名醫了。
五年之間，李清與香草朝夕相處，兩小無猜，早就產生了愛慕之情。李清藝成之日，杜先生也就為二人成了婚。
一家三口本來過得平靜安寧，可是有一天，當地知府吳榮的兒子得了一種怪病，癱在床上起不來，全身軟綿綿的像是沒了骨頭。
吳榮父子倆平日仗着朝中有靠山，在城裡為非作歹，魚肉百姓，喪盡天良，光是黃花閨女就不知被他們糟蹋了多少。老百姓聽了這個消息全都拍手相慶，說這對禽獸父子做孽太多，早就該遭這個報應。
吳榮愛子心切，為他找遍了奇葯怪方，卻無一管用，最後想起了杜先生的金針，便拉著兒子和一車重禮到了濟世堂，求杜先生救兒子一命。
正巧這時李清和香草出門到外地去了，杜先生一人在家，他看看奄奄一息的知府少爺，也不言語，把雙手往袖中一攏，坐在堂上，閉目養起神來，任憑吳榮百般威逼利誘，杜先生只是不理。
吳榮開始還苦苦央求，求了大半天，終於動了怒，把杜先生抓回府中，動起了大刑。但杜先生寧死也不肯動手治病，最後竟被吳榮打斷了四肢，扔到濟世堂門前的大街上，而且告訴老百姓，誰要是上去救他就是一樣的下場。
就這麼過了兩天，香草和李清回來時，杜先生已經死在街上。吳榮的兒子也一命嗚呼了。吳榮心裡恨死了杜家人，又派人來抓香草夫妻。雖有殺父之仇，可二人又怎斗得過堂堂的知府，兩人只得含恨安葬了杜先生，帶了他留下的十三支金針，偷偷逃到外省去了。
為了生計，兩人仍是開了間醫館，不到一年，李清的名聲也響了起來。開始他還牢記杜先生的教導，可是隨着名氣越來越大，登門求醫的人多了起來，看着送到眼前的金銀，李清一概收下，窮苦人拿不出錢來的，他就置之不理。同時，他還開始巴結權貴，當地一些富紳高官家中有了病人，他往往不請自到，免費醫治。
時間久了，他的神針之技雖然名氣很響，可背地裡罵他黑心的人也越來越多。
這些事情香草看在眼裡，總是勸他，可李清根本無動於衷，兩人也常常因此而爭執。多次勸說無果之後，香草的心也漸漸冷了，她怎麼也沒想到自己的丈夫竟會變成這樣一個人。
這一年，城裡新調來了一位官員，剛剛到任，便因為水土不服染上了重病。李清得知后馬上找到官府里相識，主動要去治病。不料，這新官竟然就是當年害死杜先生的知府吳榮。李清看了也很意外，但他只稍稍猶豫了片刻，就取出金針，給吳知府治起病來。
幾針下去，吳榮的病情就大有起色，蘇醒了過來，他也認出了李清。還沒等吳榮開口說話，李清忙跪下請安，嘴裡連連說當年杜先生是千錯萬錯，不應該那麼做。
吳榮在病床上一招手，手下抬過滿滿一箱金銀，吳榮告訴李清，只要能給他治好這病，過去的事就不再提，而且錢都是他的了。李清跪在地上道：“能給大人診病是小人的福分，您請放寬心，這點小病算不得什麼，我一定針到病除。”
李清回到家中絕口不提此事。兩天後，他為吳榮治病的事還是傳到了香草耳朵里，她扯住李清的衣袖問他：“你真的在給吳榮治病？”李清被問得不耐煩，掏出幾錠黃燦燦的金子摔給香草：“是誰又能怎麼樣，難道你還嫌這金子咬手啊？你想看我像你爹當年那樣死在大街上嗎？”
聽了這話，香草嘆了口氣，說道：“是啊，當年爹死的那麼慘。你這麼做也有你的道理。”便不再阻攔。第二天一早還親自幫他把醫箱備好，讓李清安心前去。
又過幾天，吳榮的病果然痊癒，他又重賞了李清，還安排下酒宴款待他。吃過了酒李清回到家中，卻不見了香草的影子，只在桌上發現一封信，上面寫着：
吳榮七日後必死，你也快快逃命吧，隱姓埋名，不可再行醫了，金針的奇效已失，不能再用。我並非棄你不顧，實在是緣分已盡。十幾年前相救之時，卻不知會有今日。
李清看完信，實在弄不明白，他明明已將吳榮治好，又怎麼會七日內必死？但他知道香草從不開玩笑，而且說得如此鄭重，事情定有原因，雖然心中疑惑，也不敢耽擱，趕忙連夜逃走。七天之後，在路上果然聽到了吳榮夜裡暴斃而亡的消息。
他怎麼知道，當年杜先生教他的醫術，他只學到了六七成，還有一種杜家祖傳的空心金針的秘術，他沒有學會，這種空心的金針外表和平常金針一樣，纖細如髮，卻是中空，可以通脈散淤，化風理氣，專治各種奇症。它的用法和效果與普通金針恰恰相反。
香草見他良心喪盡，為了錢財不顧醫德，還不顧父親的大仇去給吳榮治病，就藉機把李清平時用的金針換作了空心針。香草從小隨父行醫，早就精通此道，這樣一來，李清用普通的方法使用空心針，結果正適得其反，吳榮七日之內經脈錯亂，果然斃命。這也算是借李清之手報了父仇。
但香草和他終究有幾年夫妻之情，不忍心看着李清受累，才留書讓他逃命。
李清在外流落幾年，不敢再出手給人看病，錢財很快就耗盡了，他別無所長，漸漸又淪為乞丐。這時他才想起當年病卧街頭時杜先生父女的救命之恩，開始後悔自己的所作所為。四處想尋找香草，卻一直沒有消息。
後來聽人講起，江南一帶有位女神醫，游於四方，專憑几支金針為窮人治病，效驗如神，不知救過多少人的性命，老百姓都稱她為神針娘娘。李清心知這定是妻子香草，便一路乞討着前去尋找，可踏遍了江南幾省，卻始終都沒有遇上。