如前所述，“一國兩制”法制體系是以“一國兩法”及多法域為顯著特徵，那麼組構成這一龐大複雜的法制體系的應包括祖國大陸和我國港、澳、台的所有符合“一國兩制”要求的法律部門和領域。而按照它們在“一國兩制”法制體系中的特定地位和作用，就可以把它們歸納為以下幾個層次：l）作為祖國大陸和我國港、澳、台這些特別行政區共同母法的憲法；2）聯結祖國大陸和各特別行政區的特別行政區基本法；3）居於主體地位的祖國大陸社會主義法；4）作為輔助的我國港、澳、台各特別行政區的資本主義法；5）用以解決祖國大陸和各特別行政區及特別行政區相互之間的法律衝突的區際衝突法。這樣，我們就可以勾畫出“一國兩制”法制體系的基本構架：即以憲法為龍頭，以特別行政區基本法為紐帶，以祖國大陸社會主義法為主幹，以各特別行政區的資本主義法為支幹，並以它們相互彼此之間的區際衝突法為膠合劑的，兩種社會性質的法律並存且相得益彰，四大法域共促共生的，多層次、多色調、多板塊，結構十分複雜，內容和形式都異常豐富多彩的法制體系。這不僅在中外法制史上是史無前例的，而且在當今世界也是獨一無二的。其中，存在着如下幾種（或幾層）重要關係，正確認識和處理好這些關係，有助於我們把握住“一國兩制”法制體系的本質特徵及其規律性。
1．祖國大陸社會主義法與特別行政區資本主義法的對立統一關係。它是“一國兩制”法制體系中的基本矛盾，“一國兩制”法制體系的基本特徵--“一國兩法”，就集中地體現於此，並由此派生其他的矛盾關係。所以處理好這對基本矛盾，對於實現和穩定“一國兩制”，建立和完善“一國兩制”法制體系，具有關鍵性意義。其基本原則就是既堅持以祖國大陸的社會主義法為主體（是矛盾的主要方式或主導方面），以特別行政區的資本主義法為輔助和必要補充；又要充分認識和正確估價適合於這些特別行政區的資本主義法的特殊地位和作用，從而不但不能以大陸的社會主義法加以排斥甚至吞滅，而且應看到它們兩者之間除了有相拒斥性一面之外還有可以相互借鑒和吸收的一面。其根本的原因就在於“一國兩制”範圍內的社會主義經濟制度與資本主義經濟制度並存、互促和相得益彰，這是與社會主義初級階段多種所有制和分配方式並存相對應的，即都是與現階段我國不同地區經濟和社會發展不平衡狀況及其歷史原因相關聯的。而其更深刻的原因就是發展和繁榮市場經濟、提高綜合國力和人民生活水平、保持社會安定這一共同需要。它有利於我們借鑒和利用發達市場經濟已有成就和經驗（包括市場經濟法制和規則），也有利於我們加強國際聯繫，吸取、借鑒資本主義發達國家先進的技術、管理經驗和法制手段等。同時祖國大陸的社會主義制度和社會主義法制不僅是我國港、澳、台經濟和社會發展的強大後盾，而且也必有其可以認同之處，從而產生相向吸收、借鑒的效用。當然對這種相互借鑒和吸收不能作簡單化、機械化的理解，因為不僅有制度性質和意識形態的分野甚至對立，而且有經濟和社會發展程度之差距和異質文化的衝突。所以既不能簡單移植，更不能動輒就搞什麼“西化”或“中化”、應經過非常細緻的分析取捨和不斷探索試驗的過程，權衡利弊，損益其優劣，使對方之所長有機融合進自身的制度發展和主體文化中，特別是注意把那些體現人類制度建設共同經驗和法律文明發展普遍規律性的東西儘可能地加以利用和吸收，來促進和完善本身的制度建設和法制建設。
2．分屬不同法系的法律之間的關係。祖國大陸與我國香港、澳門及我國台灣的法律分屬於社會主義法系、英美法系、大陸法系，但他們都有中華法系的傳統，我國台灣法又受到英美法系的影響，祖國大陸法也含有大陸法系的因素和成分。它們之間既相區別，又相聯繫。固然，法系的不同使法律在立法方式及立法技術、法律形式及淵源、司法程序及制度等許多方面都各有其特點，因而法律的結構、體例、術語以及法律事實和行為的定性也往往不同。但由於我國香港、澳門及我國台灣同祖國大陸固有的歷史聯繫，特別在“一國兩制”的條件下這種聯繫將進一步得以強化和鞏固，這就為它們之間的法律的相互借鑒和吸收以便取長補短提供了更多的可能性和更有利的條件。充分認識到這些，能使我們更客觀、全面地看待我國港、澳、台的法律及其與祖國大陸的關係。包括一方面既有利於我們認識和把握住屬於英美法系的香港法的特徵，並便於我們通過比較而借鑒、吸取其有益於我們法制建設的那些成分（如判例法的適當引用，民商法的實用價值、法律技術水平的臻於完善以及重視對個人的權利、自由的尊重和保障等）；另一方面可以使我們清醒的認識到屬於大陸法系並有中華法系傳統的我國台灣法在法律形式、法律體系和體例、法律心理結構以及法律文化傳統上同我們更為接近，並有某種同根同源的關係，互相借鑒和吸取有益成分就更有必要，也更為直接。我們不能因為我國台灣法承襲了所謂“民國法”，我們又早已明令廢除了國民黨統治時期的舊“法統”，而對我國台灣現行法律完全採取拒斥態度。事實上，我國台灣法律自1949年國民黨退台以來40多年已有了很大變化，不僅對民國時期的法律作了諸多修定，還重新制定了大量法律和法規。我國台灣現行法律中未有作過修改的民國法僅存不多，它們事實上有的早已過時，有的已名存實亡，有的已通過特別法、判例、解釋例替代，有的僅僅因政治需要而苛延殘喘。這都說明，我國台灣法律與所謂“民國法”不能同日而語，它已經適應我國台灣資本主義經濟和社會的發展而有了重大的變化和發展，並早已自成體系，其立法完備、體系周全、規範詳盡、許多法律和法規又不斷與時更新，其中許多都是值得我們借鑒和吸收的。特別是民商法和經濟立法，內容更加豐富多彩，尤值得我們採擷。至於那些過時的、徒具虛名的法律，當然必須廢止，這隨着“一國兩制”，和平統一的實現自是應有之義。
3．各特別行政區法之間的關係。包括我國香港法、澳門法同我國台灣法之間的關係，我國香港法與澳門法之間的關係等。它們雖然都同樣屬於資本主義性質的法，因而異中之同可能會更多；然而仍因有屬於不盡相同的法系之區別，以及不同歷史、文化背景的差異，使之在法律結構、法律體系、立法技術和司法程序等方面仍各有其特點。注意到這些，對於我們加深對各特別行政區法的認識，無疑是有意義的。
（三）“一國兩制”法制體系中的法律要件分析
“一國兩制”法制體系中最具特殊性的是特別行政區基本法和區際衝突法。前者是聯結祖國大陸和特別行政區的紐帶，後者是協調祖國大陸主法域和各特別行政區輔法域及輔法域相互間各部門法關係的膠合劑。它們是“一國兩制”法制體系中的特殊構件，尤其是特別行政區基本法，完全是一種嶄新的法律現象，中外法制史上未曾有過，是當代中國對人類法律文化的獨特貢獻。
1．特別行政區基本法
特別行政區基本法是體現“一國兩制”國策的最主要的法律形式和最集中、直接的法律表現，是祖國大陸社會主義制度和法律體系同我國港、澳、台等資本主義制度和法律體系的結合部和銜接點。它並具有以下特點：第一，從它的地位和法律效力來看，它具有僅次於憲法而又高於一般法律的效力。既含有憲法性法律的特徵和屬性，以至有人稱它是“小憲法”，尤其是在結構上與憲法相似。如《香港特別行政區基本法》和《澳門特別行政區基本法》都包括序言、總則、居民的基本權利和義務、政治體制、經濟、文化和有關社會事務等章節。但它又是根據憲法制定的，是我國憲法關於“一國兩制”方針在法律上的具體化、系統化。也就是說，從法律淵源體系上講，它是從屬於國家根本法之下的國家基本法律，其效力僅次於憲法而又高於其他法律。第二，從它的適用範圍和在特別行政區的作用來看，它既是全國人民代表大會制定的全國性法律，因而在全國範圍內都有效，各省、自治區、直轄市，各級國家機關，各個部門和團體都必須遵守，全國人民和各級幹部都必須了解、熟悉和不得違背；但又主要是適用和實施於特別行政區的特殊性的法律。而在特別行政區它又是一項根本性法律，是特別行政區的立法基礎，是國家主權在這些地區的法律表現，具有最高的法律地位和效力，特別行政區的各項制度和政策，都必須以它為根據，特別行政區的任何法律都不得與之相抵觸。第三，從它的任務和內容上看，主要是“一國兩制”的法律體現和法律保證，而且主要是調整中央與特別行政區的關係以及特別行政區內部的關係，同時它所調整的這類社會關係主要是一些最基本的關係，而同調整具體關係的其他部門法有所不同。第四，從性質上看，雖然基本方面具有社會主義性質，根本目的也是為了有利於我國的社會主義現代化事業，但又是對特別行政區資本主義制度的確認和規範化。從立法動機、程序和成員方面來看，它既反映了工人階級和其他勞動者的意志；又反映了愛國統一戰線中資產階級的意志。
而且，隨着特別行政區基本法的實施和特別行政區的建立，就會出現在特殊單一制國家中享有高度自治權的嶄新的自治形式和新型的中央與地方的關係，而與內地的各行政省、自治區、直轄市相殊異。並會建立起獨特的政治體制、司法制度和法律體系，以行使其立法權、行政管理權、獨立的司法權和終審權等。這一切都充分表明了它的獨創性。