明嘉靖十一年，寒冬，一個大雪紛飛的清晨，嵩山下的挑山工牛二保打開大門，見一個乞兒躺在門口，已凍得全身僵冷，一探鼻息，還有點熱氣，忙把他抱進屋。牛二保兩口子發現，這乞兒的頭臉和身子很不相稱——頭臉看上去有十五六歲，身子卻只有十一二歲的樣子。牛妻王氏說：“這孩子可能是長期餓肚子，才變成這個樣子的，真是可憐。”說著幫着脫去乞兒身上被雪水打濕的衣服，把他焐在炕上。
中午時分，乞兒醒來了，他伸了個懶腰，茫然四顧，問：“這是哪裡？”
牛二保說：“這是我家。小兄弟，你從哪裡來？叫什麼名字？今年多大了？”
乞兒說，他從記事起就在要飯，不知道自己叫什麼，不知父母是誰，不知今年有幾歲，也不知家鄉在哪裡。牛二保兩口子均已年過四十，兩人成婚二十多年來，王氏的肚子一直沒鼓起來過。眼看靠自己生孩子是沒希望了，兩口子這幾天正商量着，到哪裡去抱養一個，見這乞兒雖然瘦弱，卻生得眉清目秀，就起了收養之念。王氏問：“小兄弟，你給我們當兒子好不好？”
乞兒望望王氏，又望望牛二保，也不顧身上沒穿衣服，就一骨碌翻身下炕，跪下，對着牛二保兩口子連連叩頭，脆生生地叫道：“爹——，娘——”
“哎——”王氏喜不自勝，摟緊乞兒那小小的身子，心痛地說：“乖兒子，看你瘦的，娘燉只老母雞給你補補。快上炕躺着，小心着涼。”
牛二保是少林寺雇的長期挑工，寺里給的工錢不薄，兩口子的日子過得不錯。牛二保給乞兒取名叫牛大龍。牛大龍開口一聲爹，閉口一聲娘，叫得牛二保兩口子心花怒放。王氏常給牛大龍做好吃的，沒過多久，他的身子就基本能跟腦袋相稱了，他搶着幫家裡幹活，並提出要跟着爹去幫少林寺挑東西。牛二保說：“兒子，你身子還弱，不適合乾重活，過幾天爹送你去私塾讀書吧。”
牛大龍說：“我要幫爹娘幹活，我不讀書！別看我個子不大，我能拿得動一百多斤呢。不信，你們看——”說著走到石磨前，伸手一抓，就把那重達一百二三十斤的磨礅舉了起來，好像還不大費勁。
牛二保吃了一驚，這個磨礅自己雙手抱起來還挺吃力呢，他說：“兒子，你有這個力氣，也別去念書了，爹送你去少林寺學功夫，學成後去考武舉，爭取以後能當個將軍，為我牛家增光！”
牛二保跟少林寺的僧人們熟，他把牛大龍送到寺里當了俗家弟子。執教俗家弟子的有兩個高僧，一個法名玄武，另一個法名玄真。江湖傳言，這兩位大師的功夫均不在方丈之下。牛大龍的授業師父是玄武，玄真是他師叔。
光陰似箭。牛大龍在少林寺一學就是10年，他看起來也並不是特別出類拔萃，悟性屬中等偏上。這天，玄武大師把他叫到跟前，說：“大龍，你跟少林寺緣分已盡，該下山了。”
牛大龍跪下說：“師傅，弟子功夫尚淺，還想繼續跟您學下去。”
玄武大師說：“作為俗家弟子，功夫練到你這種程度已經很不容易了。少林武功屬佛門功夫，要練到極致，須六根清凈；要六根清凈，除非身在佛門。”
牛大龍說：“弟子願出家為僧，請師父為我剃度吧。”
玄武大師說：“你現在還不宜出家，先回去了卻應了之事吧。”
牛大龍拜別師傅，回到養父養母身邊。牛二保先給他成了婚，要他一個月後去參加秋後的武舉。牛大龍說：“兒子還沒必中的把握，需要到江湖上去歷練。”婚後僅三天，他不顧養父養母和妻子劉氏的流淚苦勸，就一頭闖入了“江湖”。
三個月後，玄武大師奉命到少林下院——莆田南少林去接任住持。
日月如梭，又是10年過去。這天，在登封城北的一個打麥場上，五六個十四五歲的少年，每人手執一根白蠟棍，把一個十一二歲的小娃娃圍在中間，打得不亦樂乎。那小娃娃生得面如滿月，紅唇白齒，穿一身紅衣紅褲，扎一根衝天小辮兒，樣子很是可愛。他用的也是一根白蠟棍。
一個風塵僕僕的中年人騎馬經過，他勒馬駐足，饒有興緻地在打麥場邊觀戰。此人正是牛大龍，他“歷練”歸來，打算先回家看看，再到少林寺剃度出家，以便學習更精深的少林佛家功夫。
“哎喲媽呀”聲此起彼伏，眾少年的身上不斷着棍，而他們的六根棍卻連紅衣娃娃的衣角都碰不到一下。紅衣娃娃的身手令牛大龍有些吃驚，他喝道：“住手！”
眾少年住了手，眼望牛大龍。紅孩兒問：“怎麼啦？”
牛大龍說：“小哥兒，你叫什麼名字？師父是誰？”
一個少年搶着回答：“他叫紅孩兒，是村裡張寡婦的兒子，我們的棍法都是跟一個老叫花子學的。不知道為什麼，幾年前，紅孩兒跟我們一起開始練武，他年齡比我們小，武藝卻比我們練得高。”
“那個老叫花呢？”
“不知又到哪兒要飯去了，他一個月只到我們這兒來兩三天。”
牛大龍拿過那少年手中的白蠟棍，說：“紅孩兒，來，咱倆比試比試。”
紅孩兒說：“好！敢跟我比試的，一定是高手。看棍！”說罷，身影一晃，忽然間像是化成了一團紅霧，剎時，無數根白蠟棍從紅霧中湧出來，狂風驟雨般向牛大龍捲去。
紅孩兒快，牛大龍也不慢，他有條不紊地把紅孩兒的攻勢一一化解。不知不覺，兩人竟拆了百多個回合。牛大龍跟紅孩兒過招目的是，想查證一下教這些少年的那個叫花子的門派。紅孩兒的棍法，跟少林棍法似是而非，其特點就是一個“快”字。斗到後來，那小小的身影簡直是如同鬼魅，有一次還差點把牛大龍絆倒。牛大龍雖說不至於打不過他，但卻是越來越心驚。此地離少林寺近，不少老百姓都會點少林功夫，他意識到，教這些孩子的那個叫花子並沒什麼了不起，真正了不起的，是這個紅孩兒！他逼開紅孩兒幾步，說：“紅孩兒，好樣的！你是個武藝高強的小英雄。伯伯打不過你。”
紅孩兒說：“投不投降？”
牛大龍裝着把手舉了一下，說：“投降，投降！”又把手向紅孩兒伸過去：“紅孩兒，伯伯好喜歡你，來，乖，伯伯抱抱。”
天真無邪的紅孩兒，蹦蹦跳跳地撲進牛大龍懷裡，牛大龍一把把他抱起，伸手拍了一下他的頭頂。
紅孩兒說：“你拍我的頭幹什麼？”
牛大龍說：“一隻蒼蠅，伯伯幫你打了。”
紅孩兒也伸手在牛大龍的腦門上拍了一下，說：“你頭上有個蚊子。”那猝不及防的一下子，把牛大龍的腦袋拍得“嗡”了一聲。
牛大龍放下孩子，跳上馬，甩上一鞭，飛快地往家中馳去。養父養母都已經去世，劉氏正在紡線，見丈夫回來了，欣喜異常，夫妻倆親熱地敘了會兒舊，劉氏準備磨豆腐給丈夫吃，說：“相公，磨子要洗一洗，你幫我把磨礅卸下來吧。”說完擔著水桶，到一裡外的水井挑水去了。
牛大龍走過去一拎磨礅，磨礅紋絲不動。他以為是長時間不用，磨礅粘在磨盤上了，就稍微運了一下內力，這一運，不禁大驚失色——自己那全身內功，居然消失得無影無蹤！
“阿彌陀佛！”一個老和尚手牽一個紅衣娃娃，出現在門口。“老師父，就是這個壞人，剛才點了我的天淵穴。”紅衣娃娃說。
老和尚是少林寺的玄真大師，紅衣娃娃正是紅孩兒。
牛大龍背上冷汗直冒，硬着頭皮迎上去，跪下叩了個頭，說：“師……師叔！”
玄真大師說：“伊田總教頭不必多禮。”
“誰是伊田總教頭？”牛大龍驚問。
玄真緩緩說道：“大漢與大和，本為同根生，你們東瀛人近年在中土東南一帶的行為，與禽獸又有何異？”
原來，這“牛大龍”是東瀛人，原名伊田太郎。他6歲時投到東瀛“忍術”高手佐藤大森門下學武，不到十年時間，就把佐藤大森歷四十餘年才練成的所有功夫都學到了家。佐藤大森認為他是個千年難遇的“異種”。在中土的武林中，每隔數百年，會出現一個“異種”，這樣的人天生秉異，膂力遠大於常人，是難得的練武奇才。秦末的項羽、西漢的李廣和漢末的呂布，就是異種。而在東瀛，這樣的人以前還沒出現過。佐藤大森把伊田太郎是“異種”之事上報到朝廷。於是伊田太郎就被派來中土，執行一項特殊任務。
天下武功，源出少林；東瀛武術，源於中土。伊田太郎一入少林，就被少林高僧看出他身懷東瀛“忍術”。初入牛家時，伊田太郎已年過16歲，那一副“營養不良”的樣子，是施展了忍術中的“縮身法”。而“縮身法”，正是由少林功夫“縮骨法”演變而成。他確實是個習武天才，但像他這樣的天才，在中土並不鮮見。10年前，伊田太郎離開少林時，少林寺派了兩個功夫高於他的俗家弟子暗中跟蹤他，一直跟蹤到了東瀛。少林高僧們的想法是，如果伊田太郎回東瀛后，大力弘揚少林武術，那也罷了。可他一回國，就當上了倭軍“敢死軍”總教頭。伊田太郎身懷少林絕技，精通東瀛忍術，由他訓練出來的士兵，何止以一抵十！少林寺本想把情況上報朝廷，但其時宦官當政，奸黨亂朝，怕事情變得複雜化，於是寺里就自己採取了對策。
玄真大師又說：“我中土國民，宅心仁厚，胸懷寬廣，明知你是東瀛人，少林寺對你也是一視同仁。哪似你等倭人，心胸狹隘，見我中土一個天賦極佳的孩子，也心生妒嫉，要廢他功夫！”
伊田太郎面如死灰。半晌才說：“弟子罪孽深重，現在又功夫盡失，只想一死！但臨死之前，還得請教師叔，為什麼我的功力突然消失了？難道就是這孩子在我腦門上那一拍？”
玄真大師說：“幸好這孩子是個百年不遇的異種，全身穴道的位置也與常人不同……”
紅孩兒搶着說：“老叫花師父告訴我，說如果有人要拍我的天淵穴，那麼這個人一定是壞人。是壞人，就不應該身有武功。他教了我一個廢除壞人武功的方法……”
他盯着玄真大師看了一會兒，說，“咦，老師傅，剛才你拉着我走得太快，沒注意，現在我才覺得，你跟老叫花師父有點像……”
原來，7年前，玄真大師外出時，偶然看到5歲的紅孩兒，發現他是個天賦極佳的孩子，有心收他為徒。但見他孤兒寡母的，若帶走他，張寡婦一定不會同意。那麼好的苗子，不習武實在可惜。玄真大師名聲很大，如果以本來面目去教紅孩兒，在武林中會引起一些猜疑，所以他就扮成叫花子，每個月去教紅孩兒幾天，同時也教教其他願意學武的孩子……
可憐的劉氏挑水回來，見自己盼了10年才盼回的相公，已用一把牛耳剔骨尖刀，剖開了自己的肚子。
嘉靖三十四年，一股3000人的倭寇，殺氣騰騰地從浙江台州登陸。這股倭寇個個武藝高強，人人會少林功夫和東瀛忍術。但他們立足未穩，就遭到戚繼光將軍麾下一支勁旅的迎頭痛擊。率領那支勁旅的，居然是一個年僅15歲的少年將軍。那一役，那股倭寇死傷十之八九。
那少年將軍正是紅孩兒。那支勁旅的成員，大多是玄武大師在南少林招收的俗家弟子。
紅孩兒隨着戚繼光，轉戰東南各地的抗倭戰場，屢建奇功，殺倭無數。嘉靖四十二年，戚繼光率軍直搗倭寇的根據地——橫嶼。在這最後一戰中，一桿罕見的西洋新式火器，瞄準了戚將軍，一顆渾圓的彈丸，以閃電之速飛向他的面門。說時遲，那時快，在戚將軍身邊不遠處的紅孩兒，幾乎以那顆彈丸的速度，飛身擋在戚將軍面前，同時，他手中的飛鏢已擲出。飛鏢正中那名倭軍狙擊手的腦門。
紅孩兒也不幸左胸中彈，壯烈犧牲。