在一片茂密的森林裡，住着小石頭一家人，小石頭非常聽話，經常幫助媽媽做很多事情，媽媽很愛他。
有一天，小石頭住的這片森林沉了下去，小石頭和他的一家人也都跟着沉了下去，小石頭就在大海中漸漸地睡著了。
又過了一萬年，海底上升了，小石頭這才醒過來，他張大眼睛東張張西望望，發現自己坐在一座高山的頂上，小石頭又發現自己的肚皮上融合著一條完整的小魚骨頭，小石頭嚇了一大跳，吃驚地說：“我的肚子上自怎麼有一條魚骨頭？”這句話把正在沉睡着的石頭媽媽吵醒了，小石頭連忙說：“媽媽，瞧，我變樣了！”媽媽說：“小東西，你找錯媽媽了，回自己的家去吧。”小石頭只能自己上學去了。
到了學校，小石頭有好多同學的肚皮上也有這種圖畫，有貝殼、有小魚、有海帶、還有海螺呢！小石頭又聽到一陣嘲笑自己丑的話，他感到非常難過，小石頭拿起一個包裹，背在身上出走了。
一天，他來到海邊哭了起來，一隻海豚浮到水面上問小石頭：“小化石，你為什麼哭了？”小石頭說：“我不叫小化石，我是小石頭。”海豚見小石頭不知道自己是化石，又不想打擾他，就遊走了。忽然，一個科學家走過來看了看小化石，就把小化石帶回了家。
後來，小化石被送進了博物館，成了供大家觀賞的化石。
小化石雖然只能靜靜地躺在那兒，可是他想：能為科學作出貢獻，這是一件快樂的事！
從此，小化石成了小朋友們最了解的化石。