把制度建設貫穿於反腐倡廉工作的各個環節，是貫徹“三個代表”重要思想和十六大精神以及加強新時期黨的廉政建設的重要內容。黨的十六屆三中全會明確提出，要建立健全與社會主義市場機制相適應的教育、制度、監督並重的懲治和預防腐敗體系。這個三位一體、三者並重的體系是對制度反腐的一個比較準確、比較完善的論斷，是從權力反腐向制度反腐的一個轉向。
一、加強制度建設是標本兼治、加大反腐敗治本力度的根本途徑。當前，我國正處於深刻的社會轉型和體制轉軌時期，激烈的社會變革帶來社會全面進步的同時，負面效應即腐敗現象也在滋生蔓延。出現這一現象的根本原因，是由於沿用多年的計劃經濟體制已被打破，社會主義市場經濟體制尚未完善，新舊體制轉換中的縫隙和漏洞等為反腐敗的滋生蔓延留下了空間。因此，要從根本上遏制腐敗，就必須從制度建設入手。
反腐倡廉重在制度建設、制度創新。《中國共產黨黨內監督條例（試行）》的頒布施行，是以民主監督的制度來防止腐敗發生，是黨內監督工作從根本上實現制度化的一個飛躍，一個升華；建立教育、制度、監督三者並重、相互配套的懲治和預防體系，其核心也是制度建設；因而，加強制度建設是標本兼治，從源頭上反腐治本的根本途徑，反腐敗從本質上說就是一個制度建設的過程。
二、狠抓三個環節，形成有效機制，確保制度反腐落到實處。抓教育，堅持教育制度化，築牢思想防線，形成使人不想腐敗的自律機制。主要突出三項教育：一是在反腐倡廉教育方面，以各級領導幹部為重點，以馬克思主義的世界觀、人生觀、價值觀和正確的權力關、地位觀、利益觀為根本，以艱苦奮鬥、廉潔奉公為主題，進行樹典型理想信念教育，重大案件警示教育，黨紀政紀條規教育，民主集中制教育等，以更好地做到立黨為公、執政為民。二是在職業道德教育方面，以廣大公職人員為重點，進行職業道德的培訓教育，引導公職人員依法行政、勤政為民、忠於職守、樂於奉獻，養成良好的職業道德習慣。三是在公民道德教育方面，以廣大市民為重點，學習貫徹《公民道德建設實施綱要》，進行黨風廉政建設的宣傳，抓好經常性教育，倡導誠實守信、遵紀守法的良好風氣，營造“廉潔光榮、腐敗可恥”的社會文化氛圍。
抓制度，創新體制建設，規劃從政行為，建立使人不能腐敗的保護機制。重點是深化改革，推進體制機制制度的創新，規範事權財權人權物權的運作。一是推進行政審批制度改革，建設行政服務中心和招標投標中心，規範事權，防止重大決策的個人專斷和失誤。二是推進財政管理制度的改革，建立會計中心，規範財權，避免資金違規運作。三是推進幹部人事制度改革，規範人事權，防止用人上的不正之風。四是發揮市場配置資源的作用，按經濟規律辦事，規範物權，防止物資購銷中以權謀私、暗箱操作。深化政務、廠務、村務等各項公開辦事制度，自覺接受群眾對領導機關和領導幹部工作的監督，提高為人民服務的水平和質量。堅持和完善民主集中制、民主決策制度，發揚黨內民主，堅持集體領導，廣泛聽取意見，嚴格執行程序，不斷提高全黨和各級黨組織的創造力、凝聚力、戰鬥力，提高政府決策的科學性和可行性。
抓監督，完善制約機制，防止權力失控，形成使人不敢腐敗的防範機制。重點抓好以下制度的落實：一是建立和完善領導幹部廉政檔案制度，並進行電腦化管理和上網公布，確保對幹部的監督不留死角、有效到位。二是建立和落實廉政談話制度，主要對新提拔任職的領導幹部，採取任職廉政談話、誠勉談話、警示談話三種，起到增強廉潔意識，規範從政行為的作用。三是建立信訪回複製度。四是實行領導幹部述職述廉制度，特別是“一把手”要向紀檢監察機關進行專題述廉，使領導幹部本人廉潔自律與黨風廉政建設責任制的落實做到有機結合。五是實行誡勉和末位淘汰制度，這一制度的實施，可以使領導幹部產生危機感，對領導幹部的管理監督發揮積極作用。此外，進一步健全和完善民主推薦、組織考察、任前公示及用失察失誤責任追究制度，以確保對領導幹部監督到位。在加強黨內監督方面，尤其要重點落實好民主集中制、民主生活會和黨員領導幹部參加雙重組織生活制度，堅持用制度來強化監督、管好乾部，努力形成一種結構合理、配置科學、程序嚴密、制約有效的權力運行機制。
協調推進教育、制度、監督體系，形成源頭治腐，建立綜合防範機制。把教育、制度、監督三者整合為一個有機的整體，統一於黨風廉政建設和反腐敗工作的全過程以及各個方面、各個環節，從根本上解決問題。達到在這位一體的科學體系的作用下，靠教育的培養、靠監督的制約、靠制度的規範，來提高各級領導幹部拒腐防變和抵禦風險的能力。