第二十六條、醫院應收款項包括應收醫療款、應收在院病人醫藥費和其他應收款等。
醫院對應收款項應及時清理，應收住院病人醫藥費要及時結算。對期限超過3年，確認無法收回的應收醫療款應作為壞賬處理，壞賬損失經過清查，報經主管部門、主辦單位批准后，在壞賬準備中沖銷。年度終了，醫院應按年末應收醫療款和應收在院病人醫藥費科目餘額的3%-5%計提壞賬準備。
第二十七條、庫存物資是指醫院為開展業務活動及其他活動而儲存的材料、燃料、包裝物和低值易耗品等。購入的庫存物資按實際購入價計價，自製的庫存物資按製造過程中的實際支出計價，盤盈的按同類品種價格計價。庫存物資要按照“計劃採購、定額定量供應”的辦法進行管理。庫存物資要合理確定儲備定額，定期進行盤點，年終必須進行全面盤點清查，保證賬實相符。對於盤盈、盤虧、毀損等情況，應查明原因，分別情況及時處理。盤盈的以其價值沖減管理費用。盤虧、毀損的、屬於正常損失部分，扣除殘料價值后，計入管理費用；盤虧、毀損中屬於非正常損失部分，經主管部門或主辦單位批准后，扣除過失人或保險公司賠償和殘料價值后，計入其他支出。低值易耗品實物管理採取“定量配置、以舊換新”等管理辦法。物資管理部門要建立輔助賬，反映在用低值易耗品分佈、使用以及消耗情況。低值易耗品領用實行一次性攤銷，個別價值較高或領用報廢相對集中的可分期攤銷。低值易耗品報廢收回的殘餘價值，作為其他收入。
第二十八條、藥品是指醫院為了開展醫療活動而儲存的各類藥品。藥品管理要嚴格執行《藥品管理法》、藥品價格政策和職工基本醫療保險制度的有關規定，並遵循“計劃採購、定額管理、加速周轉、保證供應”的原則。醫院藥品按零售價進行核算，其實際購進價與零售價的差額為進銷差價。月末按當月藥品銷售額和藥品綜合加成率（或綜合差價率）計算藥品銷售成本。藥品必須建立健全出入庫制度。藥房要正確計算處方銷售額並與藥品收款額核對相符。使用計算機進行藥品管理的，應做到“金額管理、數量統計，實耗實銷”；沒有實行計算機管理的，必須做到“金額管理、重點統計、實耗實銷”。醫院自製藥品應建立健全管理制度，進行成本核算。自製藥品按規定的零售價入庫，成本與零售價的差額計入藥品進銷差價。有條件的醫院應設置分類賬分類分批核算製劑成本。
第七章、固定資產管理
第二十九條、固定資產是指一般設備單位價值在500元以上，專業設備單位價值在800元以上，使用期限在1年以上，並在使用過程中基本保持原有物質形態的資產。單位價值雖未達到規定標準，但耐用時間在1年以上的大批同類物資，應作為固定資產管理。
醫院固定資產分為五類：房屋及建築物、專業設備、一般設備、圖書、其他固定資產。
第三十條、購入固定資產，按購入價格、包裝費用、運輸裝卸費用、安裝調試費用和進口設備的進口稅金等計價。新建的房屋建築物，按固定資產交付使用前發生的實際支出計價。在原有基礎上進行改建、擴建的房屋、建築物，按其原值加上改建、擴建發生的實際支出，減去改、擴建過程中發生的拆除的固定資產原值和固定資產變價收入后的餘額計價。自製的固定資產，按製造過程中發生的實際成本計價。借款購建的固定資產，安裝完畢交付使用前發生的借款利息也應計入固定資產價值。
接受捐贈的固定資產，按市場同類固定資產的價格計價。接受固定資產時發生的各項費用，應計入固定資產價值。
無償調撥或由於醫院撤併轉入的固定資產，按原單位賬面原值記價。
盤盈的固定資產，按重置完全價值計價。
第三十一條、固定資產按賬麵價值的一定比率提取修購基金（詳見附件3：醫院專用設備修購基金提取年限表），用於固定資產的更新。具體的比率由醫院根據固定資產原值和使用年限核定，報衛生主管部門備案或批准后執行。比率一經確定，除有特殊情況外不得隨意變動。
第三十二條、醫院應定期或不定期地對固定資產進行清查盤點，年度終了前應當進行一次全面清查盤點。固定資產盤盈，經主管部門批准后按同類固定資產價值或重置完全價值增加固定資產和固定基金。固定資產盤虧及毀損，在按規定的審批程序報經主管部門批准后，扣除變價收入、保險公司和過失人的賠償后，沖減固定基金。
第三十三條、固定資產清理報廢和轉讓，一般經單位負責人批准后核銷。大型精密貴重的設備、儀器報廢和轉讓應經有關部門鑒定，報經主管部門、財政部門批准后，其變價凈收入轉入修購基金。
第三十四條、醫院應設置專門管理機構或專人，使用部門應指定人員對固定資產實施管理，並建立健全各項管理制度。建立健全三賬一卡制度，即：財會部門負責總賬和一級明細分類賬，財產管理部門負責二級明細分類賬，使用部門負責建卡（台賬）。大型貴重設備實行責任制，指定專人管理，制定操作規程，建立設備技術檔案和使用情況報告制度。財產物資管理部門要定期對固定資產進行清點、核實，按期報廢，並與財會部門核對，做到賬賬相符、賬卡相符、賬實相符。
第三十五條、大型醫療設備的購置，要科學論證，並按國家有關規定報經政府有關部門批准。
第八章、無形資產及開辦費管理
第三十六條、無形資產是指不具有實物形態而能為使用者提供某種權利的資產。包括專利權、著作權、版權、土地使用權、非專利技術、商譽及其他財產權利等。購入的無形資產，按照實際支付的價款計價；自行開發並依法申請取得的無形資產，按依法取得時發生的註冊費、聘請律師費等支出計價，在開發過程中發生的研究開發費用，計入管理費用；接受捐贈的無形資產，按捐贈方提供的資料或同類無形資產估價計價；商譽除合作外，不得作價入賬。無形資產從開始使用之日起，在規定的有效使用期內平均攤入管理費用。沒有規定的按照不少於10年的期限攤銷。轉讓無形資產應按有關規定進行資產評估，取得的收入，除國家另有規定的外，計入其他收入。醫院轉讓無形資產的成本（攤余價值），應計入其他支出。
第三十七條、開辦費是指醫院籌建期間發生的費用，包括籌建期間人員工資、辦公費、培訓費、差旅費、印刷費以及不計入固定資產和無形資產購建成本的其他支出。開辦費從醫院開業的下一個月起，按照不短於5年的期限分期攤入管理費用。
第九章、對外投資管理
第三十八條、對外投資是指醫院以貨幣資金、實物、無形資產等向其他單位或院辦獨立核算企、事業單位的投資和購買國家債券。對外投資按照投資回收期的長短分為長期投資和短期投資。投資回收期1年以上的為長期投資，不足1年的為短期投資。
第三十九條、對外投資必須經過充分的可行性論證，報經財政部門和衛生主管部門或主辦單位批准。
第四十條、醫院以實物、無形資產對外投資的，應按照國家有關規定進行資產評估，評估確認的價值與賬面凈值的差額，計入事業基金。醫院認購的國家債券，按實際支付的金額作價。
第四十一條、投資取得的收益，計入其他收入。收回的對外投資與投資賬戶賬麵價值的差額，沖減其他收入。
第十章、負債管理
第四十二條、醫院負債是指醫院所承擔的能以貨幣計量，需要以資產或者勞務償還的債務。包括流動負債和長期負債。流動負債是指償還期在1年以內的短期借款、應付賬款、醫療預收款、預提費用和應付社會保障費、應交超收款等。長期負債是指償還期在1年以上的長期借款，長期應付款等。
第四十三條、醫院實行住院病人預交金制度。預交金額度應根據病人病情和治療的需要合理確定。
第四十四條、醫院應對不同性質的負債分別管理，及時清理並按照規定辦理結算，保證各項負債在規定期限內歸還。因債權人特殊原因確實無法償還的負債，經上級主管部門批准可計入其他收入。
第十一章、凈資產管理
第四十五條、醫院凈資產是指醫院資產減去負債后的餘額。包括：
（一）事業基金，即未限定用途的基金。包括滾存結餘資金，主辦單位以國有資產形式投入醫院未限定專門用途的資金、資產評估增值等轉入形成的基金。
（二）固定基金，即單位固定資產佔用的基金。其主要來源於國家基建撥款、專項經費撥款，單位事業基金和專項基金。
（三）專用基金，即醫院按照規定提取或者設置的有專門用途的資金。包括：修購基金，即醫院按固定資產一定比率提取的用於固定資產更新、大型修繕的資金。
職工福利基金，即醫院按規定提取的和結餘分配形成的用於職工福利的資金。其他基金，即醫院按照有關規定提取或設置的住房基金、留本基金等其他專用資金。
專用基金要專款專用，不得擅自改變用途。專項基金使用形成的固定資產價值轉入固定基金。
（四）財政專項補助結餘，即需結轉下年繼續使用的未完工項目的財政專項補助。
（五）待分配結餘，即事業基金不足以彌補的虧損。
第十二章、財務清算
第四十六條、經國家有關部門批准宣布醫院撤銷時，應當在主管部門和財政部門的監督指導下，由各級政府授權主管部門或主辦單位負責按有關規定組成清算機構。清算機構負責制訂清算方案，對醫院的財產、債權、債務進行全面的清理，對現有資產進行重新估價，編製資產負債表和財產清單、債權清單、債務清單，通知所有的債權人在規定期限內向清算機構申報債權，提出財產作價依據和債權、債務處理辦法，做好國有資產的移交、接收、划轉和管理工作，並妥善處理各項遺留問題。清算期間，未經清算機構同意，任何組織機構和個人不得處理醫院財產。醫院財產包括宣布清算時的全部財產和清算期間取得的財產。清算期間發生的財產盤盈、盤虧或變賣，無力歸還的債務，無法收回的應收賬款等計入清算損益。
第四十七條、在宣布醫院終止前6個月至宣布終止之日，下列行為無效：
1.無償轉讓財產；
2.非正常壓價處理財產；
3.對原來沒有財產擔保的債務提供財產擔保；
4.對未到期的債務提前清償；
5.放棄應屬於醫院的債權。
第四十八條、醫院清償的順序為：
1.清算期間發生的費用；
2.應付未付的醫院職工的工資、社會保險費等；
3.債權人的各項債務；
4.剩餘資產經主管部門和財政部門核准后併入接收單位或上交主管部門。醫院被清算財產不足以清償的，應按照比例進行清償。
第四十九條、醫院清算完畢，清算機構應當提出清算報告，編製清算期間的收支報表，驗證后，報送主管部門和財政部門或主辦單位審查備案。
第五十條、經國家有關部門批准宣布醫院划轉時，經主管部門審核並報財政部門批准，其資產分別按下列辦法辦理：
1.因隸屬關係改變，成建制划轉的醫院，全部資產無償移交，並相應划轉財政補助經費指標；
2.轉為企業管理的醫院，全部資產扣除負債后，轉作國家資本金；
3.合併的醫院，全部資產移交接受單位或者新組建單位，合併后多餘的資產由主管部門核准處理。
第十三章、財務報告與分析
第五十一條、財務報告是指反映醫院一定時期的財務狀況和業務開展成果的總括性書面文件，包括資產負債表、收入支出總表、醫療收支明細表、藥品收支明細表、基金變動表以及財務情況說明書。財務情況說明書主要說明醫院的業務開展情況、結餘實現與分配、資金增減與周轉、財務收支、財產變動、財務分析評價等情況，對本期或下期財務狀況發生重大影響的事項，專項資金的使用情況以及其他需要說明的事項。醫院財務分析評價的主要內容包括：醫院業務開展情況分析、財務狀況分析、醫院結餘情況分析、勞動生產率分析、醫院效益分析和財產物資利用分析等。醫院財務分析指標一般包括：人員經費佔總費用的比例、管理費用佔總費用百分比、人均門診人次、人均住院床日、人均業務收入、平均每門診次收費水平、平均每住院床日收費水平、病床使用率和周轉次數、出院病人平均住院日、流動資金周轉次數、資產負債率、流動比率、速動比率、百元固定資產業務收入等。
第五十二條、醫院應當按月份、季度、年度向主管部門或主辦單位提供財務報告。
第五十三條、醫院在辦理年度決算前，應對財產物資、債權、債務進行全面清查盤點，並編製盤存表，對盤盈、盤虧、報廢、毀損等應按本制度規定及時處理。
第五十四條、醫院要以國家有關政策和財政法規制度、財經紀律為依據，實事求是地對單位的財務收支、財產物資管理以及收費制度執行情況，加強檢查監督。
第十四章、附則
第五十五條、醫院舉辦的非獨立核算分院的收支是醫院財務收支的一部分，必須納入預算管理，應與醫院合併編製財務報告。
第五十六條、醫院必須在取得行醫資格之日起30日內，持批准文件向衛生主管部門進行財務登記，並由主管部門向財政部門備案。
第五十七條、國家對醫院基本建設投資的財務管理，依據有關規定執行。
第五十八條、各省、自治區、直轄市及計劃單列市財政部門和衛生主管部門可依照本制度，結合本地實際情況，制定具體實施辦法，並向財政部、衛生部備案。
第五十九條、本制度由財政部、衛生部負責解釋，變更時由財政部、衛生部負責修訂。
第六十條、本制度自1999年1月1日起執行，過去與本制度相抵觸的有關制度規定同時廢止