話說1000萬年前，有一位“忍者神龜迷”，名叫逍遙遊。他整天看着“忍者神龜”的漫畫、影碟，連上廁所也不例外。有一天，他正坐在馬桶上看“忍者神龜”漫畫，忽然，書中的四個英勇的神龜蹦了出來，大聲嚷嚷：“夥計，你好！但願你沒把這當成夢。”逍遙遊一屁股陷在了馬桶里，差點粘到屎。神龜們見狀，搖搖頭說：“哎，你運氣真不好！像你這樣，怎能拯救‘龜界’！”逍遙遊丈二和尚摸不着頭腦了：“什麼什麼！拯救‘龜界’，對不起，我不明白。”神龜們並沒有正面回答，而是做了一下自我介紹。只見那個拿棍子的神龜說：“我是老大，名叫湯姆，那個拿劍的叫約翰，那個拿叉子的叫比爾，拿雙節棍的叫傑瑞。”說著，沒等逍遙遊反應過來，就拉着他，帶領着神龜們，來到了他們所謂的龜界。
神龜們帶着逍遙遊來到了一個被黑暗籠罩的世界，天空中不時的發出可怕地哭泣聲。湯姆對逍遙遊說：“這是我們的龜民們在悲傷地哭泣，他們被暴虐的‘齊王’統治了……以前，神龜星是一個富饒、和諧的星球。有一天，一個黑漆漆的‘牛頭石’穿過大氣層，重重地落在了這裡，似乎是從宇宙黑洞方向而來。一些龜民認為這是一塊‘不祥石’，便把它扔在了那座黑暗山裡，據說它從前是一座死活山。又過了幾百萬年，一天，那座黑暗山突然爆炸了，一個身型怪異的外星人走了出來，那就是現在的齊王，他為了報復龜界人民，便在黑暗山安家，開始大肆屠殺龜民。我們四個，據說還有兩人有幸逃了出來。”說完，湯姆哭了，神龜們也哭了，逍遙遊很傷心，他明白了神龜們為什麼讓他來，是為了拯救龜界！忽然，一個聲音打斷了他們的思緒：“兄弟們，拯救龜界我也算上一個！哦，別忘了，我叫杜迪，見到你們我很高興！”神龜們似乎也很高興，走上前來，比爾興奮的說：“我們也很高興見到你！需要做個介紹嗎？”杜迪搖搖頭說：“不，不，不，我早就知道你們了。你好，逍遙遊！”“哦……哦，你好！”逍遙遊在一個陌生人面前表現得十分尷尬。最後，他們擊掌大叫一聲：“拯救龜界！”隨後，湯姆、比爾、約翰、傑瑞、杜迪和逍遙遊便踏上了拯救龜界的路程……