康德七年六月，1940年縣誌出版【禪凈寺】原東興縣--“東興鎮”，禪凈寺坐落在哈爾濱市木蘭縣東興鎮南端的木蘭達河畔，東臨億方容量的香磨山水庫，西與述馬駒所說的蒙古山相映，是弘揚佛法佛教聖地。這裡是縣級第二重鎮，距縣城六十公里，交通方便，人口稠密，文化繁榮，經濟發達，盛產水稻和大豆。
本寺原名慈航寺，1993年5月6日經縣政府批准更名為【禪凈寺】。始建於1919年開山裡堂祖師尊貴法師，當時有尼僧三人，殿堂三間，供奉觀音菩薩，寮房六間，佔地3.5頃。第二代住持修本比丘法師，1944年圓寂。1945年春，元寶山普同寺住持上嚴下旺比丘法師來接第三代住持。法師在四十畝土地上種各種果樹二千多棵。事已初具規模，僧眾聚增，香客如雲，當時的慈航寺蔚為壯觀。
1946年，土地改革期間，殿堂拆毀，佛像被砸，僧眾四散，40餘畝土地大部分給農民，僅剩上嚴下旺法師一人在原廟地，當時住的是兩間小茅屋，隨遇而安。仍保僧人身份，粗米素菜，終日辛勤種植果樹蔬菜和農田耕作，每年都有好收成。上嚴下旺法師節衣縮食，克勤克儉，把餘下的錢逐漸買會被分掉的土地，截止1956年合作化時，幾乎全部收買回所有被分掉的廟地，又恢復了慈航寺原有的規模。
上嚴下旺法師是禪宗臨濟派，佛學造詣精深，德高行結，心慈樂道。一生愛國愛教，堅持農禪並重，以農養禪，自食其力有餘，還無嘗周濟大眾，給貧困群眾施糧、油、果品，給大眾技術指導栽果樹和葡萄樹。1958年大躍進，廟裡土地又被收歸，除留給上嚴下旺法師二畝土地外，寺院四十餘畝土地由東興鎮政府收歸東南大隊耕種，后又批住民宅。苦難煎熬的歲月里，上嚴下旺法師，不同別人化取，也不向政府求助，在二畝園田上精心栽果樹育葡萄種各種蔬菜，用自己的汗水得來的果實救濟大眾。上嚴下旺法師堅持愛國主義精神，總以慈悲為懷，樂善好施。1959年至1961年三年自然災害期間，糧食緊缺，一斤糧食超過市場正常價十多倍，人們都吃代食，上嚴下旺法師向周邊群眾舍千餘斤各種糧食，分文不取。法師保護古剎，隨緣化渡，力保文物歷盡艱辛，潛心修行40餘載，庶民欽仰，深受愛戴。1971年四姊妹發心出家入佛門，拜上嚴下旺法師為師，當宏果師12歲進廟隨法師學佛疏通經法，經營園林。1975年建草泥寮房100平方，1978年也是改革開放第一年，寺院和全國一樣，發展庭院經濟，在僅有的二畝土地上增在果樹葡萄80多棵，有栽培100多平方平貝藥材，同時還種各種蔬菜，上嚴下旺法師總以慈悲心關心大眾，出自用外，剩餘施與周邊群眾傳授技術幫助脫貧。1986年，黑龍江省宗教局落實中教信仰自由政策，批准恢復慈航寺，重建大雄寶殿，1989年尊基，1992竣工，佔地面積310平方，建築面積281平方，為磚木結構。請玉石佛像四尊，三如來，觀音菩薩供奉。本年農曆七月初八上嚴下旺恩師圓寂，坐化，享年九十六歲，戒臘七十六。
第四代住持由宏果法師接續，1991年宏果法師在省辦依蘭尼眾學院畢業，獲寺院住持資格證書。同年八月初一受三壇大戒。禪凈寺多次被評為省、市宗教界“文明”寺院、“五好”宗教活動場所，宏果師被評為省市“三自標兵”，三八紅旗手和先進個人。被選為省、市佛教協會理事。宏果法師為滿恩師遺願，續佛慧命，立志圓其恩師在建寺院的宏願。靠有緣大德，護法居士的發心、布施和有償贊助。宏果法師帶領僧眾，幸勤勞動，一天十幾個小時的田園勞做和繁重的體力，搬石、運沙、推土方、卸車、技工以外的施工項目樣樣都親自干。經十幾年來的拼搏，先後以重金收回寺院原有部分佔地，先後收買民房13座，在原有的二畝土地上擴大到1萬平方米佔地。1994年春，建木結構南山門，六月二十六大雄寶殿開光。1995年建100平方米磚瓦結構。1997年備石頭、沙子、紅磚、木材建築物資。
在改革開放不斷發展中，省市縣宗教界和鎮政府的大力支持下，1998年寺院作了合理規劃，所有建築都是經黑龍江省建築設計院精心設計，防雷、抗震達到高標準的仿古混合建築。宏果法師幾次到省內外多處考察，聘來湖北省大冶市殷祖園林古建公司的正規古建工程隊施工。1998年建彌勒寶殿為重檐。建築面積270.25平方，西門房205.24平方，西生活用門30平方，建圍牆長134延長米，以上建築都是高標準有堅固的基礎混合結構。
2003年至2004年，把原有一層磚木結構的大雄寶殿，翻建成混合結構，重檐斗拱新穎大型建築，建築面積從原有281平方擴大到830平方。2004年至2005年，建西配殿二樓，做西方三聖殿和寮房，建築面積1238.4平方，也是斗拱飛檐。
為確保治安安全，安裝紅外線監控攝像十二個，消防設施齊備，食品衛生良好，設備齊全，把原有燃煤鍋爐於2003年換成節能鍋爐，2005年，把節能鍋爐換掉，安上電取暖，徹底取消煤煙污染。本年又把齋堂、寮房內外、明柱都貼瓷磚。
服務社會，每年省、市、縣下發的救災，濟貧、助學、雪災、地震災等指標，我寺院積極捐款捐物。
“農禪並重”是禪凈寺一貫堅持方針，重果樹育葡萄，特別是蔬菜品種多，數量大，年年自給有餘，同時還真心實意的關心幫助貧困群眾，並組織他們發展生產，改善生活，勤勞致富，幫助和指導他們採取先進科學技術栽果樹、育葡萄、種蔬菜扣大棚，利用有利條件開展家庭副業。對那些特別貧困群眾，無力升學，無錢就醫的，我們都積極資助，主動熱情的向附近和外地貧困群眾和兒童送衣物、藥品、乾糧、蔬菜、水果等。每次逢年過節都去敬老院送衣物、藥品、豆油、糕點、果品等，為民間修橋、修路，每年均施衣物大約一萬元左右。
如今，這裡晨鐘暮鼓，香煙繚繞“南無”聲聲的盛況，充滿了濃重的佛教文化神奇色彩和誘人魅力，是周邊獨有，省內稀少。這些，無一不留下僧眾們辛勞勤奮的汗水和智穎佛慧。
未來，禪凈寺定會建設得越加完美壯觀，必定繼續發揚名山叢林道場純樸清凈之宗風，長久延續中國禪凈雙修源遠流長之法脈。
為慶祝十八大習近平強調，黨的十八大主題，簡明而又鮮明地向黨內外、國內外宣示了我們黨將舉什麼旗、走什麼路、以什麼樣的精神狀態、朝着什麼樣的目標繼續前進這4個關係黨和國家工作全局的重大問題成功。禪凈寺全體僧眾，同全國各族人民一道熱情宣傳十八大精神，祝偉大祖國，為傳播和諧聲音，彰顯愛國情懷。佛祖保佑中華和諧昌盛，祝福十八大成功法會，本寺在農曆六月十九開始到農曆六月二十一，以佛教特有的方式組織吉祥法會，表達愛國愛教心情，祝福十八大圓滿成功，在世界上黨的十八大主題譜寫最輝煌精彩的篇章！