一天，灰太狼和紅太狼又想吃羊肉了，紅太狼對灰太狼說：“你快去捉只羊回來，好讓我們吃羊肉。”
灰太狼以每小時50公里的速度沖了出去，眨眼間就到了羊村學校，它用老辦法打開了門，大門立即放出防盜電波，但是由於灰太狼穿着防電服，它竟然堂而皇之的走了進去。它快速來到教室，以迅雷不及掩耳之勢，給喜羊羊注入了麻醉劑，並把它帶回了家。紅太狼說：“鮮羊肉才好吃，把它先關到監牢里。”灰太狼趕緊把喜羊羊放到監牢里。
羊村長發現喜羊羊不見了，而灰太狼也消失了，只好請求名偵探柯南來幫忙。柯南根據折斷的樹枝以及灰太狼的毛髮，終於找到了灰太狼的新家。但卻因為灰太狼有高科技武器，柯南它們打不過它。眼看喜羊羊就要被煮了，情急之下，羊村長請來了《功夫熊貓》里的無敵六人組——熊貓、老虎、螳螂、蛇、猴子和鶴。它們經過一場昏天黑地的大戰，熊貓它們破壞了灰太狼的武器，將灰太狼打敗。熊貓用了一招“無敵風火輪”打開監牢，救出了喜羊羊。但是房子卻壞了，即將倒塌下來。在這危急時刻，柯南突然發現地下有一個暗道，它們沿着暗道一直走到盡頭，發現暗道盡頭竟然是羊村學校。原來灰太狼挖了這個暗道，是想隨時來捉羊，而此時，這個暗道居然成了逃生通道。但是灰太狼和紅太狼在最後關頭未能倖免，被倒塌的房子壓死了，羊村終於不用害怕有狼來吃它們了。
喜羊羊又可以和小夥伴們無憂無慮的一起上學了。
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