心太眼看也難逃一劫，忽然一道冰冷的劍光閃過，剎那間數命強盜已成劍下亡魂，心太面前出現一位衣着飄逸，威風凜凜的年輕劍客--飛天御劍流第15代傳人比古清十郎。第二天，當比古清十郎準備埋葬村民們的屍骨時，在墳墓里又遇見了昨天那個小孩，他正在掩埋親人的遺骸，面上並無淚水，只是堅強地說了一句話：“我要以劍救人”。比古清十郎將美酒澆在墳墓上，也只對心太說了一句：“你跟我走吧，心太這個名字太軟弱，以後你就叫劍心吧！” 就這樣， 劍心跟隨這位世外高人苦學劍術，5年後，劍術已達登峰造極之境。但他與師傅對以劍救世，以劍救人的信念的分歧日益明顯。師傅認為雖然自己身懷絕學，竟連身邊的弱者都保護不了，只能親手將他們埋葬，他認為憑個人力量不能挽救些什麼，他對這個亂世已失去信心，想隱居不再過問世事。他知道劍心投身於亂世只會成為政客和野心家的殺人工具。　

而劍心作為熱血少年，一心要以劍保衛弱者，剷除惡人，結束亂世。為正義而揮劍殺人是他當時的理想。兩人常在爭吵聲中度日，比古清十郎也想考驗一下劍心，因此並沒有將飛天御劍流的最終奧義--天翔龍閃傳授給他，（10年後還是教給他了）終於，劍心不辭而別，踏上了維新的嶄新人生旅途。革命是需要流血的，劍心加入長洲城維新派屬下的高杉晉作的奇兵隊后憑藉出神入化的劍術，尤其是拔刀術，成為幕末最強的劍客，一把劍染滿鮮血。人稱劊子手拔刀齋，由於幕末不同的維新派別之間經常相互爭鬥，樹敵甚多。　

　 一次，在執行暗殺任務時，劍心將少女雪代·巴的未婚夫清里殺死，清里臨死前強烈的求生慾望促使他在劍心的面頰上劃出一道刀痕。 一個春雨霏霏的美麗夜晚，劍心遭到刺客襲擊，但那個不自量力的忍者頃刻變成了血肉模糊的死屍，血腥的一幕恰好讓喝醉了酒而途經此地的雪代巴看見了。她當場昏蹶過去。劍心本想殺人滅口，但她身上那種久違了的白梅香使他不忍心下手，於是把她救了回去。　

　 未幾，因為長洲城維新派與另一個勢力強大的倒幕派－－新撰組發生爭鬥，在池田屋大戰中交戰失利，而劍心亦無法戰勝該組第三隊組長--齋騰一。又加上有內奸出賣，險些被幕府全殲，劍心與其他維新志士只能轉入地下鬥爭。雪代巴和弟弟雪代緣此時接受了幕府暗乃武忍者組織的委託接近劍心，試圖找出他的弱點，雪代巴也想乘機為未婚夫報仇。劍心一開始就保持警惕，幾次差點殺掉巴，後來由於作戰失利，組織上要求劍心和雪代巴假扮夫婦暫時在鄉村隱居等待機會。隨着時間的流逝，16歲的劍心和20多歲的雪代巴日久生情，兩人決定共諧連理，過隱居生活，而雪代巴也被劍心的遠大理想和偉大人格所折服，放棄了報仇的想法，為了不讓劍心成為只會殺人的狂刀，雪代巴願意成為這把刀的刀鞘。而劍心也覺得和善良的雪代巴在一起使他能忘記殺戮，一種和平寧靜的感覺油然而生。　

　 這其間組織的內奸也被清除，忍者組織見計劃失敗，便劫持雪代巴來要挾劍心，並布下天羅地網，要劍心永遠消失。然而正如劍心所說：“馬上把雪代巴交出來，否則，死……！” 劍心獨闖龍潭，隨着忍者們前赴後繼地倒下，劍心也付出沉重代價，因被忍術和幻術所傷，幾乎失去視覺，聽覺，嗅覺，觸覺 最後雖然勝利了 但巴~~~