晚清時，浙江海寧有一個巧匠擅長微雕，能在棗核、豆腐等物品上雕刻米粒大小的人物山水文字，當地人嘆為絕藝，尊稱為巧手宋。憑藉著高超的手藝，巧手宋家道漸漸殷實，不但娶了媳婦，還接連生下了兩男一女三個孩子，一家五口其樂融融。
光陰似箭，一晃十八年過去，兩個兒子長大成人，小女兒也出落成亭亭玉立的少女。巧手宋年紀漸老，想把微雕絕藝傳授給兒女，既能讓他們憑此技謀生，也可以讓微雕這門藝術流傳下去。
誰料這個時候爆發了太平天國起義，大兒子就讀於清軍水師學堂，自然隨軍前往鎮壓，兵凶戰危，隨時都有喪命的可能。宋老漢夙夜憂嘆，擔心大兒子出事，偏偏這個時候二兒子也在外求學未歸，膝下只有小女兒若蘭，宋老漢更是愁上加愁。為了排遣愁緒，巧手宋每天只有靠回憶兒女們成長的歷程來打發時間。女兒若蘭看出父親的心事，留下一張字條，說出門找兩個哥哥，半夜出走了。
轉眼一個月過去，清軍節節敗退，傷亡慘重。宋老漢心中的憂慮更是變本加厲，這時若蘭回來了，她沒有帶回兩個哥哥，卻帶回來一個驚人的消息：老大因為作戰勇敢，已經被提升為清軍統領；但老二卻很早就投入了太平軍，現在也是一個帶兵的頭領，而兩兄弟所屬的軍隊已經大大小小交戰不下十餘次，隨着兩兄弟在戰爭中升級，他們遲早要碰面，手足相殘。
若蘭曾拚命勸過兩個哥哥，要他們棄官退讓。可兩兄弟各執一詞，誰也不肯讓步。大哥說二弟跟隨太平軍是造反，大逆不道，應趁早回頭是岸；二哥則說太平軍是為了推翻腐朽無能的滿清統治，是正義無私的百姓軍隊，大哥是朝廷鷹犬，不可為官祿而忘記父老鄉親。兩個人各有各的想法，正值血氣方剛的年齡，爭吵得也越來越激烈，差點兒拔刀相向，最後不歡而散。
沒聽完女兒的講述巧手宋已經老淚縱橫，自己二十年辛辛苦苦養大的孩子，到頭來竟然要自相殘殺嗎？從此以後巧手宋整天把自己一個人關在房間里，也不說話，但每次走出房間時，人明顯瘦了一圈，也衰老了好幾歲。
若蘭為替老父分憂，偷偷模仿父親的筆跡，寫了家信給兩個哥哥寄去。可是信寫了一封又一封，如同石沉大海，沒有一點迴音。清軍與太平軍的戰況愈演愈烈，雙方陣亡的將士人數每天都在激增。
兩兄弟第一次在戰場上兵戎相見的那一天，巧手宋病倒了，而且病勢漸漸沉重。若蘭每天在父親的病榻旁以淚洗面，她對兩個哥哥又恨又愁，恨他們不顧及父親的感受，憂愁他們中的某一個被自己兄弟擊殺。
終於宋老漢到了彌留的那一天，他顫巍巍地從貼身衣袋裡取出兩個棗核，囑咐女兒一定要把它們交給兩個兒子。若蘭看着手裡兩個一模一樣的棗核，怔住了……
戰場上，兩兄弟率領麾下士卒已交手數次。大哥把弟弟一條胳膊卸了下來，弟弟也刺傷了大哥的一片肺葉。兩個人都在瘋狂地詛咒對方，準備再來一次殊死拼殺的時候，妹妹若蘭出現在兄弟倆的面前，她帶來了父親的噩耗，也把父親的棗核一人一個給了兩個哥哥。
兩兄弟看見棗核也怔住了，他們足足對着棗核看了一個時辰，突然不約而同放下手裡的長刀擁抱在一起抱頭痛哭。
在小小的棗核上，巧手宋用米粒大小的微雕雕刻了三個子女從嬰孩到幼童，從幼童到少年，少年到青年成長過程的點點滴滴，一共有三百個畫面。這些栩栩如生，惟妙惟肖的微雕記錄著巧手宋對孩子們的寶貴回憶，也寄託着巧手宋深深的思念、憂愁和無言的父愛。這一對融合了巧手宋巔峰技藝和真摯感情，嘔心瀝血耗費大量時間才製作出來的棗核微雕，令巧手宋油盡燈枯而死，卻感動和喚醒了兩個兒子內心的手足之情。
三兄妹從此告別戰場，回到故里過起了隱居的生活。他們繼承了巧手宋的微雕手藝，並且讓這一門傑出的藝術一路流傳下來。兩枚棗核歷經戰火洗禮，幾度漂泊易主，輾轉海外，最後終於被一位愛國僑胞高價請回，捐贈給了故宮博物院。
時至今日，兩枚價值連城的棗核依然靜靜地躺在那裡。巧手宋雖然逝去，可是當人們看到棗核時，總是會想起這位無私而偉大的父親，想起棗核家信的故事。