今次的故事就從這神秘的小島開始，在小五郎的帶領下，柯南一行人前往位於太平洋上的小島“神海島”上享受愉快的假日，蔚藍色的大海和無限的自然風光加上自古以來流傳的兩個“神海島”傳說讓這個小島成為遊客成群的度假聖地。蘭和園子在“海底宮殿”附近的海域享受有氧潛水，少年偵探團則玩起了神海島觀光課安排的尋寶遊戲。然而，覷意於傳說中的財寶的寶藏獵人們也潛入了這個迷人的小島上。蘭和園子意外的遭遇到一名被鯊魚群襲擊的寶藏獵人，獵人的死是因為傳說中的寶藏嗎？急忙趕來的柯南發現了死亡的疑點，並和灰原一起展開了調查。
“神海島”流傳這兩個傳說，一個是沉入海底的古代遺迹“海底宮殿”，它是沉入神秘島海域的巨大岩石建築群，雖然研究者紛至沓來，但始終沒有人能解開“海底宮殿”的秘密，另一個傳說是300年前活躍在加勒比海的2名女海盜“安妮·邦尼”和“瑪莉·雷德”遺留下來的財寶，據說她們乘坐的海盜船遭到英國海軍的攻擊時，只有她們2人勇敢的戰鬥。隨着調查的深入，迷一般的文字“Jolie Rougu”浮出水面，寶藏的秘密近在眼前。然後要接近真相總要經歷磨難，柯南他們找到的一部分財寶被謎一樣的寶物獵人搶走了，而寶藏獵人的魔手也伸向了蘭和園子，他們的目的究竟是什麼？隱藏在傳說中的真相是什麼？隱藏在海底宮殿中的秘密又是什麼？超越300年的暗號，柯南一一解明。
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